由于杂粮饮料中含有大量的蛋白质、淀粉、纤维素，在生产过程中要注意许多因素，除稳定剂的选择和使用外，生产过程中水处理、打浆、过滤、均质、灭菌对产品的品质有较大的影响。
以下是一般性杂粮饮料的生产工艺，需要注意的是：由于不同的杂粮其所含的成分和各成分的性质不同，因此，生产时会有所差异。
1．清洗。由于杂粮产品在收取和存贮过程中难免会掺进一些尘土、砂石等杂质，因此，在生产前必须经过严格的清洗，并通过过滤等方法把杂质除去。
2．炒制。有部分杂粮如小米、荞麦等，其本身原有的风味很淡，但通过炒制后可以产生良好的风味。因此，这些杂粮在制成饮料时必须先经过炒制，炒制的条件不同原料有所不同，一般以炒制可以闻到良好的香味而又不焦为准。
3．浸泡。为便于磨浆，杂粮原料在清洗或炒制后都要经过浸泡，使组织软化。不同原料其浸泡的时间有很大的不同。如小米一般浸泡1—2小时耐即可，而绿豆、红豆一般需浸泡6—8小时，如用干玉米则甚至要浸泡1—2天(视气温而定)。在夏季气温高时要每2小时换一次水，冬季则可以4小时左右换—次水。通过浸泡可以软化细胞结构，提高胶体分散程度和提高蛋白质等营养物质的提取率。
4．磨浆。用60％的配料总量的水(调pH值为7.5—8.0)。加温为60℃—80℃(大米、小米、荞麦等易糊化的杂粮不能用热水，而要直接用冷水，否则会糊化成稀饭状)用胶体磨磨至直径5—8mm，用200目过滤，如直径过大易沉淀分层，影响产品的稳定性。
5．稳定剂的溶解。稳定剂和适量白砂糖干拌加入30倍左右的70℃—80℃热水中充分溶解，一般需使用胶体磨以加快溶解速度，使之成均匀一致的胶溶液。
6．奶粉和白砂糖溶解。奶粉用适量50℃左右的温水搅拌溶解、过滤，90％保温10分钟杀菌。白砂糖用热水溶解并煮沸杀菌，然后过滤。
7.混合、调香。将杂粮液、奶液、稳定剂液、糖液等混合并用高速搅拌设备或高剪切设备搅拌均匀，加入香精和其它调味料。
8．均质。均质是生产杂粮饮料不可缺少的工序，其作用对饮料中所含的蛋白质、淀粉等颗粒和脂肪球进行机械破碎细化，避免沉淀分层，提高产品的稳定性并改善产品的口感。应注意均质压力、温度、均质次数。一般要求两次均质，均质的温度在70℃—80℃之间，第一次均质压力为20—25MPa，第二次均质压力为30—40MPa,有利于杂粮饮料的均匀稳定。
9．灌装。
10．杀菌。杂粮饮料含大量的营养物质很容易变质，影响货架期。室内常温保存都要进行高温灭菌，一般二次灭菌要求5—15—5分钟／121℃或135℃、3—5秒，但是二次灭菌对产品风味色泽有较大的影响。若能采用超高温灭菌，然后无菌灌装，则可以使产品的风味保持得更好。