日本饮料界用食用菌为原料开发出各种适合消费者需求的保健饮料，颇受消费者欢迎，也引起了各方面的关注。食用菌保健饮料不但营养丰富、味道鲜美，而且对肿瘤有明显的抑制作用。下面介绍几种日本开发的食用菌保健饮料的加工方法。
1.灰树花保健饮料：
(1)工艺流程。菇体粉碎→热水浸提→过滤→浓缩→低温沉淀→分离→配制→装瓶→杀菌→成品。
(2)操作要点。将灰树花子实体用粉碎机粉碎、细度，以能提高抽出率为准。热水浸提时，料水比为1∶10～15。在96～100℃下加热2～3小时，使可溶性成分转换成液相，然后过滤去残渣。为提高抽出率，残渣可重抽1次。滤液中的主要成分除灰树花多糖和果胶外，还含有氨基酸、肽类、核酸以及少量矿物质。滤液的固形物浓度一般约为1％～2％，需浓缩使其达到10％左右。不能太浓，否则粘度上升，不利于果胶沉淀。浓缩方法以减压浓缩为宜。用虹吸法离心沉淀机分离积于底部的沉淀物。经分离后的灰树花浸出物含可溶性固形物7.55％、糖度7.0度、总糖4％、粗蛋白1.1％、粗灰分0.7％、pH值6.0，然后加入糖和有机酸。按常规法装入马口铁罐，经杀菌后即可获得耐贮藏、风味佳美的灰树花保健饮料。
2.蜜环菌保健饮料：可利用深层培养法所得的菌丝体加工制成蜜环菌保健饮料。其制作方法：将深层培养获得的菌丝体加1倍水并加热到80℃，保温1小时，真空抽滤浓缩至比重1.1～1.2。按蜜环菌浓缩液60％、柠檬酸0.2％、牛奶粉2％、苯甲酸钠0.4％、无离子水37.8％的配比配制饮料，然后加热至60℃，搅拌让其冷却至50℃后过滤、装瓶、灭菌即得成品。
3.香菇保健饮料：称取新鲜香菇100公斤，破碎成1厘米大小的块状，放入装有搅拌机和蒸气机加热盘管的不锈钢容器中，再添加椰子水100公斤，升温到60℃，缓慢搅拌提取15小时。过滤，得提取液。把100公斤提取液放入装有搅拌机和蒸气加热盘管的不锈钢容器中，徐徐加入预先溶入50克乳化剂(1∶1的山梨糖醇酐单硬脂酸脂和硬脂单甘油酯混合物)的椰子油2公斤进行搅拌，再添加胡椒5克、谷氨酸钠5克和食盐10克，升温到60℃。边搅拌边输入均匀器，经装瓶灭菌即制成了乳状的香菇保健饮料。
4.金针菇保健饮料：在1公斤椰子水中添加葡萄糖55克、磷酸二氢钾0.2克、磷酸氢二钾0.4克和硫酸镁0.2克配制成培养液。把培养液放进预先灭菌的容器中，再经过热蒸气灭菌后冷却，然后接入金针菇菌种。在25℃下培养，以每分钟140转速搅拌输入无菌空气培养7天。培养结束后过滤，得滤液A。过滤所得菌丝体再经过热水浸提、减压浓缩、过滤分离得滤液B。混合A、B滤液进行科学配制、装瓶灭菌即制成金针菇保健饮料。
5.银耳保健饮料：称取50公斤银耳放入装有搅拌机和蒸气加热盘管的不锈钢容器中，再加入2.5吨椰子水，升温至70℃，缓慢搅拌提取3小时，挤压过滤得提取液。采用该提取液100公斤，放入同样容器中，再添加砂糖10公斤、70％的山梨醇水溶液1公斤、柠檬酸500克和作为稳定剂的藻肮酸钠600克，在40℃下进行搅拌混合，再经装瓶灭菌即制成银耳保健饮料。