食用菌含水量高，菌体鲜嫩，且后熟性强，易腐烂，批量生产或大面积培植时，干制加工的好坏，会直接关系到生产者的经济效益。
食用菌的干制方法，有自然干制和人工干制两类。在干制过程中，干燥速度的快慢，对干制品的质量起着决定性影响。干燥速度越快，产品质量越好。
自然干制利用太阳光为热源进行干燥，适用于竹荪、银耳、金针菇、猴头、香菇等品种，是我国食用菌最古老的干制加工方法之一。加工时将菌体平铺在向南倾斜的竹制晒帘上，相互不重叠，冬季需加大晒帘倾斜角度以增加阳光的照射。鲜菌摊晒时，宜轻翻轻动，以防破损，一般要2至3天才能晒干。这种方法适于小规模培育场的生产加工。有的菇农为了节省费用，晒至半干后，再进行人工烘烤，这需根据天气状况、光照强度、食用菌水分含量等恰当掌握，否则会使菇体扭曲、变形、变色。
人工干制用烘箱、烘笼、烘房，或用炭火热风、电热以及红外线等热源进行烘烤，使菌体脱水干燥。此法干制速度快，质量好，适用于大规模加工产品。目前人工干制设备按热作用方式可分为：（1）热气对流式干燥，（2）热辐射式干燥，（3）电磁感应式干燥。我国现在大量使用的有直线升温式烘房、回火升温式烘房以及热风脱水烘干机、蒸汽脱水烘干机、红外线脱水烘干机等设备。
食用菌脱水烘干工艺多种多样，以香菇为例，为使菇型圆整、菌盖卷边厚实、菇褶色泽鲜黄、香味浓郁、含水量达到12%的出口标准，必须把握好以下环节：
一、严把采摘关掌握在八成熟、未开伞时采摘，这时香菇孢子没有散发，干制后香味浓、质量好。采时禁止喷水，采下的鲜菇放在竹篮内，不可用布袋、尼龙袋装运，防止挤压、破损、变质。
二、及时摊晾所采鲜菇要及时摊放在通风干燥场地的竹帘上，以加快菇体表层水分蒸发。切不可将鲜菇放在潮湿的地面，以防褐变，影响干菇色泽。摊晾后的鲜菇，根据市场要求，一般按不剪柄、菇柄剪半、菇柄全剪三种方式分别进行处理，同时捡除木屑等杂物及碎菇。
三、整理装机烘烤要求当日采收，当日烘烤。将鲜菇按大小、厚薄、朵形等整理分级，菇柄朝上均匀排放于上层烘帘，质量差的排放于下层。为防止在烘烤过程中香菇细胞新陈代谢加剧，造成菇盖伸展开伞，色泽变白，降低品质，在鲜菇进机前可将空机增温到38℃至40℃，再拌菇上架。
四、掌握火候，低温干燥香菇含水量高达90%,切不可高温急烘。开机操作务求规范：在点火升温的同时，启动排风扇，使热源均匀输入烘房。待温度升到35℃至38℃时，将摆好鲜菇的烘帘分层放入烘房，促使菇体收缩，增加卷边程度及菇肉厚度，提高干菇品质。烘房温度控制：1至4小时保持38℃至40℃，4至8小时保持40℃至45℃，8至12小时保持45℃至50℃，12至16小时保持50℃至53℃，17小时保持55℃，18小时至烘干保持60℃。
五、注意排湿通风随着菇体内部水分的蒸发，烘房内通风不畅会造成其色泽灰褐，品质下降。操作要求：1至8小时全部打开排湿窗，8至12小时通风量保持50%左右，10至15小时通风量保持30%,16小时后，菇体已基本干燥，可长闭排湿窗。用指甲顶压菇盖感觉坚硬并稍有指甲痕迹、翻动哗哗有声时，表明香菇干度已够，可出房冷却包装。