食用菌采收后，鲜菇若长时间暴露在干燥的环境里，会散失水分，菇体强烈收缩、起皱，质地变干发硬；同时，因菇体的后熟作用，其生理活动并未中止，在某些氧化酶(如多酚氧化酶)的作用下，能促进菇体组织内的化学：转化，出现呼吸作用加快，变渴、液化、失水并丧失固有的鲜味和香味；另外，附着在菇体表面的各种微生物的繁殖生长，还能引起软腐，产生恶臭，甚至产生有毒的物质，最后导致腐败等。
为了延长菇类保鲜时间，将鲜菇贮存在自然温度较低、环境湿度较高的条件下，或采用人工方法进行冷藏，均可延长菇类的货架寿命。将鲜菇用某些抗氧剂、植物激素进行处理，或降低pH值以抑制酶活性，也能适当延长保鲜时间。由于保鲜技术的不断发展，现在还出现了冷冻保鲜、速冻保鲜、气调保鲜和辐射处理等新的保鲜技术，能收到更好的保鲜效果。在人口比较集中的城市，各种鲜菇都是充实“菜篮子工程”的重要组成部分，掌握这些新的保鲜技术，对发展国内的鲜菇市场，提高栽培者的经济效益，具有很重要的意义。
随着社会的发展及科学技术的进步，食用菌加工技术日新月异，方法也千变万化。当前主要的加工方法有干制加工(晒干、烘干、冻干、膨化干燥等)；腌渍加工(盐渍、糟制、酱渍、糖醋、醋渍、酒渍等)；制罐加工；即食品加工；软包装加工；精细加工(蜜饯、糕点、米面、糖果、休闲食品等)；深度加工(饮料、浸膏、冲剂，调味品、美容化妆品等)和保健药品加工(保健酒、胶囊、口服液、多糖提取等)等。