天然干酪生产中，一般主要工艺流程都是通用的。生产特殊品种的干酪时，可采用某些特殊的处理方法。
工艺流程 原料乳→标准化→杀菌→冷却→添加发酵剂→调整酸度→加入添加剂→加色素→加凝乳酶→凝块切割→搅拌→加温→排出乳清→成型压榨→盐渍→上色挂蜡→包装→贮存
制作方法 1.原料乳的要求：生产干酪的原料，必须是健康奶畜分泌的新鲜优质乳。感官检查合格后，测定酸度(牛奶18°T，羊奶10～14°T)或酒精试验。必要时进行青霉素及其它抗生素试验。然后进行严格过滤和净化。并按照产品需要进行标准化。另外，不得使用近期内注射过抗生素的奶畜所分泌的乳。
2.标准化：干酪原料奶中的含脂率，决定于干酪中所需要的脂肪含量，而脂肪含量必须与奶中的酪蛋白保持一定的比例关系。为了使每批产品的组成一致，必须先将原料奶进行标准化。也就是使原料奶中的脂肪与酪蛋白的比例符合成品要求。含脂率按成品要求，通常控制在25～30%左右。
3.杀菌：杀菌的目的是为了消灭乳中的致病菌和有害菌并破坏有害酶类，使干酪质量稳定。杀菌质量的高低，直接影响产品质量。如果温度过高，时间过长，则受热变性的蛋白质增多，用凝乳酶凝固时，凝块松软，且收缩作用变弱，往往形成水分过多的干酪。故杀菌方法多采用63℃的30分钟的保温杀菌或71～75℃、15秒钟的高温短时间杀菌(HTST)。
4.添加发酵剂：通过添加发酵剂，使乳糖分解产生乳酸来保藏干酪。以及发酵菌对乳蛋白和乳脂肪的分解成熟。将杀菌乳冷却到30℃左右，倒入干酪槽中，添加1～2%的工业发酵剂(一般用乳油链球菌和乳酸链球菌的混合发酵剂)，在加入之前，发酵剂本身应充分搅拌，必须没有小凝结块。经过1小时发酵后，其酸度达20～24°T时即可。发酵时的添加量应根据原料奶的情况、发酵时间长短、干酪达到酸度和水分来反复试验，以确定较合适的加入量。
5.加入添加剂：为了抑制原料乳中的杂菌，提高加工过程中凝块的质量，在生产干酪的原料中需要添加下列几种添加剂。
(1)氯化钙：当原料乳质量不够理想时，往往会出现凝块松散，切割后产生大量细粒，致使部分蛋白质流失，脂肪损失也很大。在凝块加工过程中，凝块颗粒中剩留的乳清也较多，发酵后可能使干酪变酸。为了改进干酪质量，可以在每100千克原料奶中加5～20毫克的氯化钙。但不得过多，过量的氯化钙会形成太硬的凝块，难于切割。
(2)硝酸盐：干酪原料奶中含有丁酸菌或产气菌时，就会产生异常发酵。这时可以使用硝酸盐(硝酸钠或钾)来抑制这些细菌，但其用量应参照牛奶的成分和生产工艺等精确计算，不宜过多使用硝酸盐。因为过多的使用硝酸盐也将抑制发酵剂中细菌的生长，可能影响干酪的成熟。通常最大的允许添加量为每100千克奶中加20克硝酸盐。
6.添加色素：牛乳的色泽随季节和所喂饲料而异。羊奶则因缺乏胡萝卜素，使干酪颜色发白。为使成品色泽一致，也就是使牛奶干酪或羊奶干酪均带微黄色，为了达到这一目的，需在原料乳中加适量色素。
所用色素及添加量：通常用安那舀(胭脂橙)有碳酸钠抽出液或粉末。用量随季节、市场需要而定，通常为每1000千克原料乳加30～60克浸出液。
加入方法：先将色素用6倍灭菌水稀释，随即加入杀菌后的原料中，充分搅拌，混合均匀。
7.添加凝乳酶：牛乳的凝结是干酪制造工艺中最重要的环节。一般使用皱胃酶或胃酶或胃蛋白酶来凝结，而以前者制作的干酪品质优良。凝乳酶的添加量在使用前应测定其效价后再决定，一般1份皱胃酶在30～35℃温度下，可凝结10000～15000份的牛奶。凝结过程取决于温度、酸度、效价和钙离子浓度。生产过程中在确定添加量后，保持35℃以下，经30～40分钟后，凝结成半固体状态，凝结稍软，表面平滑无气孔。
8.凝块切割、搅拌和加热：当凝块达到一定硬度后(约经30分钟)，用专门的干酪刀或不锈钢丝纵横切割成7～10毫米立方体小块。然后进行轻微的搅拌，使凝块颗粒悬浮在乳清中，使乳清分离。加热可使凝块粒稍微收缩，有利于乳清从凝块中排出。开始加热要缓和，再逐渐提高温度，一般每分钟提高1～2℃，直到槽内温度至32～36℃为止。在加热时应不断搅拌，以防凝块颗粒沉淀。经加热后的凝块体积缩小为原来的一半。加热温度的提高和切割较细时，可加速乳清的排出而使干酪制品含水量降低。加温过快，会使凝块表面结成硬膜，使颗粒内外硬度不一致而影响乳清排出，从而降低干酪品质。
9.乳清排出：当干酪粒已收缩到适当硬度时，即可排出乳清。此时乳清酸度达到0.12%左右。排放时防止凝块损失。当酸度未达到而过早排出乳清，会影响干酪的成熟；而酸度过高则产品过硬，带有酸味。
10.成型压榨：将排出乳清后的干酪凝块均匀地放在压榨槽中，用压板或干酪压榨机把凝块颗粒压成饼状凝块，使乳清进一步排出。再将凝块分成相等大小的小块，装入专门模具，用压榨机械压制成型。必须防止空气混入干酪中。加压的温度为10～15℃，时间为6～10小时。
11.加盐：加盐可改善干酪风味、硬化凝块和增强防腐作用。加盐方法有干盐法和湿盐法，前者是把粉碎的盐撒在干酪表面，通过干酪的水分将盐溶液而渗透到内部去。湿盐法是将成型的干酪，浸泡在22%浓度的食盐水中，约经3～4天，盐水温度为8～10℃，最终使干酪中食盐含量达1～2%。
为了防止各种微生物的生长繁殖，可将盐水煮沸和加防腐作用的添加剂。
12.发酵成熟：盐渍后的干酪，在一定温度和湿度下存放经发酵成熟，才能使干酪具有独特风味，组织状态细腻均匀。干酪发酵成熟要求是贮存温度为10～15℃，相对湿度为65～80%，软质干酪达90%。一般成熟时间为1～4个月，而硬质干酪长达6～8个月。降低成熟温度，会延长所需要的成熟时间，但产品风味较好。
13.上色挂蜡：成熟后的干酪，为了防止水分损失、外界的污染、霉菌的生长和良好的外形等，对干酪都进行包装。硬质干酪通常涂挂有色素的石蜡，如我国生产的荷兰硬质干酪就是用红色石蜡涂色。而半硬干酪和软质干酪常用塑料薄膜包装，再装入纸盒或铝箔中。
14.贮藏：成品应在5℃及相对湿度80～90%的条件下贮存。
