(一)食用水解鱼蛋白 由于浓缩鱼蛋白是不溶性的，在扩大应用方面受到很大限制，研究者开始研究可溶性的水解鱼蛋白。用酸碱或酶将鱼蛋白进行部分或全部水解使其成为水溶性的蛋白质，即是水解鱼蛋白。由于采用不同的水解方法和条件，有的产品在水中分散度很高，有的具有发泡能力，有的具有乳化能力，有的具有强保水性和膨胀性，因此其应用范围除了作为营养补充剂外，还可作为乳化剂、发泡剂以及其他食品中的填充剂。由于各国使用的方法及工艺条件不同，水解鱼蛋白的工艺很多，这里仅介绍两种我国生产食用水解鱼蛋白的方法，供大家参考。
第一种方法 将洗净的原料捣碎后加5倍量的0.25％氢氧化钠稀溶液进行水解，浸渍16～20小时后，滤去不溶性的结缔组织，用醋酸中和到pH 4.5～5，使蛋白质呈絮状沉淀，过滤后洗到中性。将所得蛋白质在-10℃冻结约20小时呈海绵状，取出压去水分，用5％醋酸乙酯、酒精溶液反复回流进行脱臭，再用乙醚脱脂即得半成品。将半成品加8倍量1.5％氢氧化钠溶液，在水浴上加热1小时，用10％醋酸中和到pH7，按液量加入1％过氧化物使其澄清，再将其浓缩一半体积，进行喷雾干燥，即得成品。
第二种方法 将脱脂鱼粉加4～5倍量水和6％～10％石灰，直接利用蒸气加热至141℃水解3～4小时后用板框压滤机过滤，滤液加热浓缩到33％浓度，即可直接作为发泡剂使用，如果要求制成干粉，可再进行浓缩，喷雾干燥。
(二)药用水解鱼蛋白 包括蛋白胨、口服和注射水解鱼蛋白等。很多动物性蛋白都可用来生产这类产品，如酪蛋白、血纤维、动物肉等。鱼蛋白是药用水解蛋白的很好原料。蛋白胨和蛋白SHI是蛋白质水解的中间产物，是微生物繁殖的良好基质。蛋白质水解条件不同，产品中胨和SHI的比例也不一样，胨的比例高者称为蛋白胨，SHI的比例高者称蛋白SHI。生产蛋白胨的原料除鱼肉、鱼粉以外，很多含有鱼蛋白的废料也可利用，如国外用湿法生产鱼粉时的压榨液浓缩后生产蛋白胨。
生产蛋白胨所用的水解剂，国内主要采用猪胰、商品蛋酶。上海鱼品加工厂是生产药用水解鱼蛋白品种最多的工厂，采用脱脂带鱼鱼粉，以猪胰和AT 3.942蛋白酶为水解剂生产生化试剂蛋白胨和水解蛋白注射液。
蛋白质水解程度不同，其产物的组成也不同。如用AT 3.942为水解剂，在其他条件相同的情况下，水解6小时，其产品中以蛋白SHI为主；水解13小时，其产品以蛋白胨为主；水解22小时，其产品中以氨基酸为主。这样就可以控制水解的时间，使产品成为蛋白胨、蛋白SHI或水解蛋白注射液。水解蛋白注射液是一种含有5％水解蛋白、5％葡萄糖的静脉注射液，对于缺乏蛋白质的病人，因肠胃功能衰退、严重烧伤、失血过多、不能口服的病人，注射水解蛋白是补充蛋白质极为有效的方法。
印度制备了一种口服的水解鱼蛋白，被认为是肠胃病患者的有效药物及营养补充剂。这种水解鱼蛋白一般采用鲨鱼肉为原料，先将鱼肉切碎，用水洗涤几次，放在0.5％醋酸溶液中加热到80℃煮1小时，至鱼肉用手压紧呈纤维状时，用水洗涤除去胶质物和酸液，再用压榨机将其水分压出。压榨饼用乙醇或石油醚脱脂，脱脂物用1％氢氧化钠在70～80℃下进行水解、过滤，除去不溶物后用稀醋酸中和到pH 5～7，使蛋白质沉淀。滤取的蛋白质用水洗涤、干燥、粉碎、筛析，即得水解鱼蛋白。
(三)饲用水解鱼蛋白 生产饲用水解鱼蛋白使用的原料大多是整条鱼或带有内脏的废料，常利用鱼体自身的酶类进行水解。在水解过程中如用酸抑制腐败生物，称为酸贮饲料，此种制品一般是液体。如果发酵时采用强酸，则需要中和之后才能喂养动物。如果采用弱酸，则可直接饲喂动物。
日本的可溶性蛋白饲料是用鱼或鱼内脏经自身蛋白酶消化后，将溶体浓缩后用麦麸或米糠吸收，这种产品称为鱼汁糠粉。英国实验室制备酸贮饲料中试工厂的方法是将原料鱼磨碎，加入原料重3.5％～85％的甲酸充分混合，输送到发酵罐，液化温度18～20℃，发酵24～48小时。液化后通过16目筛将固体残渣分离，将液加热到50℃，用离心机分离油脂。此种制品腐蚀性不大，可直接饲喂动物。其他蛋白质废料，如鸡毛、头发等均可以作为水解蛋白饲料原料。生产水解鱼蛋白设备简单，成本低，具有良好的经济效益。
